В центре сюжета фильма оказывается Джонатан Ансельм, молодой и любознательный ученый-философ, который получает неожиданное задание от друга своих приемных родителей по имени Бем. Ему предстоит исследовать загадочный маршрут миграции аистов и выяснить, почему сотни окольцованных птиц не вернулись в Европу, к своим привычным гнездам. Однако перед отправлением Джонатан обнаруживает Бема мертвым, и обстоятельства его смерти вызывают у молодого ученого серьезные подозрения. Несмотря на тревожные знамения, Джонатан решает не отказываться от своего плана и отправляется в рискованное путешествие, полное неожиданностей и опасностей.